平等院境内の一角に建設された宝物館の老朽化に伴い、先端的設備を導入して国宝等の収蔵環境を改善することを目的として2001（平成13）年に建設された宝物館である。宗教法人運営で初めて総合博物館として京都府に登録されている。建物の設計を建築家栗生明が行い、史跡名勝に指定されている庭園の風致と調和した外観を実現するため、ランドスケープデザイナーとのコラボレーションにより地盤レベルの高低差を利用して建築を丘に埋め込んでいる。地上部分は風致地区で指定されている「和風建築」に対応するため、鳳凰堂を参照した3層に重なるフラットルーフ、低い軒天井に覆われた縁側、木造垂木をモチーフとした鉄骨梁、格子戸、和紙スクリーンなど、現代的でありつつ抽象化された和風建築を表現している。宝物館を周囲の景観に配慮したデザインとすることで、既存の歴史的環境と新しく構築された環境が連続した拝観のシークエンスとして捉えられるよう計画されている。