高島炭鉱で成功していた三菱が採炭事業拡大のため端島を購入し、1891（明治24）年より端島炭鉱として操業する。採炭量の増加と共に、採炭時に出てくるボタによって岩礁周囲の埋め立てが行われて島が拡張され、高波から島を守るために岸壁が島全体を囲い、炭鉱で働く人々の住まいとして日本初の鉄筋コンクリート造の高層集合住宅が立ち並ぶようになる。その外観は当時三菱重工業長崎造船所で建造中だった日本海軍の戦艦「土佐」に似ていることが「軍艦島」と呼ばれる所以である。最盛期の1960（昭和35）年には5,000人以上の人々が暮らし、人口密度が世界一となるほど過密を極めている。その後、主要エネルギーが石炭から石油に変わり、1974（昭和49）年に閉山される。閉山後は、鉱山技術が使われた建築として研究が進められるなど島の調査が行われ、近代化遺産としての保全運動が活発となり、2015（平成27）年に世界文化遺産「明治日本の産業革命遺産 ～製鉄・製鋼、造船、石炭産業～」として正式登録される。現在では上陸ツアーによって島の一部が見学可能であり、観光資源として活用しつつ、保存整備が行われている。